南通市第一人民医院暨南通大学第二附属医院、南京医科大学教学医院、南通国际友谊医院、南通市红十字医院，是一所集医疗、教学、科研及健康管理于一体的国家三级甲等综合性医院，也是原卫生部国际紧急救援中心网络医院。医院为江苏省博士后创新实践基地，国家级住院医师规范化培训基地、国家药物临床试验机构、国家级临床药师培训基地、国家医师资格考试实践技能考试基地、国家级急救教育示范基地和心肺复苏教研基地、中国灾害卫生应急救援南通培训基地。

南通市第三人民医院始建于1962年，原为南通市传染病医院，现已发展成为一所集医、教、研于一体的具有显著专科特色的综合性医院，是江苏省卫生厅命名的三级甲等医院，南通大学附属南通第三医院，南京中医药大学南通中西医结合临床医学院。医院先后荣获了全国文明单位、全国先进基层党组织、全国五一劳动奖状、全国卫生系统先进集体、全国医德建设先进集体、全国卫生系统思想政治工作先进单位等荣誉称号。

南通市中医院始建于1956年，是“三级甲等中医院”和“全国示范中医院”之一、南京中医药大学南通附属医院和南通大学附属南通中医院。医院先后获得“全国红旗单位”、“全国医药卫生先进集体”、“国家中医药局创先争优先进集体”、“省、市文明单位”、“省抗非先进集体”、“江苏省五一劳动奖状”、“省院务公开先进集体”等荣誉称号。医院各种医疗设备先进齐全，拥有核磁共振、64排CT、DSA、体外循环机、数字X光机、钼靶机、全自动生化仪、彩超、电子胃肠镜、高清腹腔镜、钬激光、准分子激光等大型仪器设备。

南通市妇幼保健院（南通大学附属妇幼保健院）是一所集医疗、保健、科研、教学于一体的三级甲等妇幼保健院。医院始建于八十年代初，1983年4月1日正式开诊，2013年整体迁建至南通市新城区，毗邻南通市行政中心。医院先后获得国家级爱婴医院、江苏省文明单位、省“三八”红旗集体、南通市文明单位、南通市最佳服务单位、市级“巾帼文明岗”、妇幼保健工作先进集体等多项荣誉称号。携手南通妇幼，一生健康无忧。南通市妇幼保健院全体干部职工将以精湛的医术、优良的服务为广大市民的健康保驾护航。

南通市肿瘤医院暨南通大学附属肿瘤医院、南通市第五人民医院，建于1972年，是江苏省两所三级甲等肿瘤专科医院之一、全国地市级肿瘤医院联盟首届会长单位。医院集医、教、研于一体，是全国城市癌症早诊早治项目南通地区定点医院，肿瘤专业获得国家食品药品监督管理局药物临床试验资格认证。医院还承担南京医科大学、苏州大学等六所院校的医疗、影像、放射医学、检验、药学、麻醉等专业研究生、本科生及大中专生的带教及临床实习任务。

南通市第六人民医院始建于1972年，为市卫计委直属二级甲等综合性公立医院，同济大学附属上海市肺科医院分院、上海市第十人民医院分院、南通大学教学医院，江苏省文明单位。开设有内、外、妇、儿等20多个临床及医技科室。医院在四十余年的建设发展中，凝练和升华了六院独特的人文精神，在全国首创“院前、院中、院后全程医疗”人本位服务模式，以独具特色的“人文六院”建设为引领，通过营造家园文化、改善就医环境、创新服务模式、简化诊疗流程等一系列举措，努力打造高品质医疗服务，让群众体会到与其他医院完全不一样的就医感受。

南通市第四人民医院，又名南通市精神卫生中心、南通市脑科医院，始建于1969年，是一所集医疗、教学、科研、防治、康复、培训、司法鉴定、社会公益性服务于一体的专科与综合协调发展的公立三级甲等医院。医院先后获得“全国心理普及工作先进集体”、“江苏省文明单位”、“江苏省价格诚信单位”、“江苏省平安医院”、“江苏省患者安全目标合格医院”、“江苏省公共机构节能示范单位”等多项荣誉。

海门区人民医院始建于1935年，为海门地区的三级综合性医院。医院耗资近3亿元引进了如环保型双源能谱CT、3.0T核磁共振、VitalBeam智能医用直线加速器系统、高档B超机、全自动智能采血管理系统及生化免疫流水线、内窥镜等一大批非常优秀的医疗设备。新院设有80多台自助服务终端，实现了预约、挂号、签到、人脸识别、缴费、检验检查查询及报告自助打印等功能。

如皋市人民医院地处长江三角洲北翼，创建于1921年，是一所集急救、医疗、教学、科研、预防和康复于一体的二级甲等综合医院，是国家级爱婴医院、如皋市红十字医院，南通大学教学医院和江苏省建康职业学院教学医院，江苏省县级公立医院首批十六家综合改革试点单位，三级医院创建单位。医院先后被评为南通市先进基层党组织、南通市卫生系统先进基层党组织、南通市(如皋市)文明单位、南通市医院工作先进单位。